EUWT TATRY jako odrębna osoba prawna posiada następujące organy: Zgromadzenie, Dyrektora i Radę Nadzorczą.

Zgromadzenie
Zgromadzenie jest najwyższym organem Ugrupowania i składa się z 14 przedstawicieli członków Ugrupowania, z których 7 reprezentuje Związek Euroregion „Tatry” i 7 reprezentuje Stowarzyszenie Region „Tatry”.

Zgromadzenie EUWT TATRY tworzą:
Štefan Bieľak - Przewodniczący Zgromadzenia, Burmistrz Miasta Spiska Bela
Bogusław Waksmundzki - Wiceprzewodniczący Zgromadzenia, Przewodniczący Rady Związku Euroregion "Tatry", Członek Zarządu Powiatu Nowotarskiego
Władysław Bieda - Burmistrz Miasta Limanowa
Lucia Cukerová – Radna Miasta Liptowski Mikulasz
Igor Čombor – Burmistrz Miasta Rużomberok
Ján Ferenčak – Przewodniczący Rady Združenia Euroregión „Tatry”, Burmistrz Miasta Kieżmark
Michał Jarończyk - Sekretarz Gminy Czarny Dunajec
Antoni Karlak - Wójt Gminy Jabłonka
Stanisław Łukaszczyk - Wójt Gminy Bukowina Tatrzańska
Grzegorz Niezgoda - Burmistrz Miasta i Gminy Szczawnica
Peter Petko - przedstawiciel Miasta Spiska Nowa Wieś
Ľuboš Tomko – Burmistrz Miasta Stara Lubowla
Grzegorz Watycha - Burmistrz Miasta Nowy Targ
Magdaléna Zmarzláková - Burmistrz Miasta Trstena


Dyrektor
Organem wykonawczym Ugrupowania, który kieruje działalnością Ugrupowania oraz podejmuje działania w jego imieniu jest Dyrektor. Podczas pierwszego posiedzenia Zgromadzenia, które odbyło się 14 sierpnia 2013 r. w Kieżmarku Dyrektorem Ugrupowania wybrano panią Agnieszkę Pyzowską, pracownika biura Związku Euroregion „Tatry” w Nowym Targu, która jest koordynatorem projektu pt. Od Euroregionu „Tatry” do Europejskiego Ugrupowania Współpracy Terytorialnej.

Rada Nadzorcza
Organem kontrolnym Ugrupowania, powołanym do wykonywania czynności nadzoru jest Rada Nadzorcza, która składa się z 6 członków, z których 3 reprezentuje Związek Euroregion „Tatry” i 3 reprezentuje Stowarzyszenie Region „Tatry”.

Zgromadzenie Ugrupowania na posiedzeniu w dniu 14 sierpnia 2013 r. wybrano członków Rady Nadzorczej:
Edward Tybor - Przewodniczący Rady Nadzorczej, Przewodniczący Rady Powiatu Tatrzańskiego
Ján Blcháč – Burmistrz Miasta Liptowski Mikulasz
Jakub Jamróz - Wójt Gminy Łapsze Niżne
Adriana Sedláková – Naczelnik Wydziału Ekonomicznego Urzędu Miasta Kieżmark
Jozef Švagerko - Burmistrz Miasta Poprad
Tadeusz Wach - Wójt Gminy Czorsztyn